| 中方质疑： | 菲律宾辩解： |
| 质疑一：菲律宾警方谈判之初方向错误 | 回应一：做出了正确的处理决定 |
| 美联社认为，营救过程中的谈判，从一开始就没有朝正确方向发展。警方和菲律宾政府没有及时满足劫匪的要求，甚至还将劫匪的弟弟带到现场参与谈判，此举无疑会更加激怒劫匪。[详细] | 马尼拉警方负责人利奥卡迪欧·圣地亚哥称，他个人对于事件处理方式做出了正确决定。当被问及警方是否遵循了正确的危机处理步骤时，圣地亚哥给出肯定回答称，“是的”。[详细] |
| 质疑二：菲律宾警方太不专业 | 回应二：媒体直播妨碍营救行动 |
| 警方没有破窗设备，一名警员手持锤子先砸右侧车窗和车门，只砸出一个小洞，砸车前窗也没砸开，后来转到车后部和右侧砸车窗，整个砸窗行动持续约1个小时，行动十分缓慢。[详细] | 劫持事件后菲律宾总统阿基诺在记者会上为警方的营救行动辩护，他表示将全力调查原因。然后他又批评媒体全程直播挟持人质事件，让枪手洞悉警方的部署和步骤。[详细] |
| 质疑三：警方"强攻"酿成惨剧 | 回应三：巴士司机称劫持者开始杀人质 |
| 劫持者原本只是要以高调行为宣泄心中不满，与谈判专家交谈后孟多萨甚至还站在车门口微笑与媒体挥手致意，但警方于晚间7时强行逮捕孟多萨的家人，警方的行动刺激了孟多萨。[详细] | 警方当时愿意通过谈判的方式解决问题，因为警方相信“劫持者当时仍保持着理智”。“但是当巴士司机逃脱并称劫持者开始杀害人质，警方决定到了强攻巴士的时候了”。 [详细] |
| 质疑四：菲警方处置轻率导致人质被杀 | 回应四：最初以为劫匪会投降 |
| 警匪对峙较长时间，而警方却没有做出专业性的判断，与劫匪没有深入良好的沟通，误信大巴司机的错误信息，最终导致了人质被杀的悲剧。[详细] | 菲总统说，政府最初以为劫持者会投降。门多萨的兄弟也被以警方以妨碍司法的罪名逮捕，警方在谈判中失败，因此将所有过错推到他身上。[详细] |